Las primeras monjas clarisas de Querétaro entraron a este convento en 1633, y fue mandado a construir por Diego de Tapia para que su hija Luisa tomara los hábitos.
Este conjunto conventual es considerado el cuarto más grande de la Nueva España, con alrededor de 25 mil metros cuadrados compuestos por celdas, patios, callejones interiores y capillas. Actualmente es el espacio comprendido entre las calles Guerrero y Allende, Madero e Hidalgo.
La mayoría del edificio de este convento desapareció tras la Guerra de Reforma y el Sitio de Querétaro; el templo conserva siete retablos barrocos originales y una reja garigoleada del siglo XVIII. En la nave destacan dos grandes obras: La Aparición de Cristo a sor María de la Antigua, de autor anónimo,’y una imagen de la Virgen de Guadalupe, atribuida a Miguel Cabrera.
De acuerdo, con Mina Ramirez Montes, en “Niñas doncellas virgenes eternas Santa Clara de Querétaro (1607-1864)”, la fundación del Convento es de 1607, “patrocinado por el cacique otomí, Diego de Tapia y su hija Luisa del Espíritu Santo; este edificio lo habitaron las monjas clarisas desde 1633 hasta la exclaustración de 1864. El templo fue construido por los indios.
El templo se termino en 1666 bajo la dirección del arquitecto, Jose de Bayas Delgado, los retablos actuales de la nave son del siglo XVIII, el de San Juan Nepomuceno es obra de los ensambladores Luis Ramos Franco y Pedro José de Rojas, los demás del arquitecto Francisco Martinez Gudiño, así como la fachada del coro y el pulpito. El altar mayor data de 1845″.
El convento de Santa Clara de Jesús también sirvió de prisión para Josefa Ortiz de Dominguez en 1810, quien fue una de las principales conspiradoras para la Independencia de México.
